V schéme VAT Margin Scheme sa DPH platí iba z rozdielu medzi predajnou cenou a kúpnou cenou. Systém je založený na smernici EÚ 2006/112/ES. Systém sa používa napríklad pri obchodovaní s použitým tovarom alebo ojazdenými vozidlami, keď sa tovar nakupuje od spotrebiteľa a ďalej sa predáva. Systém je dobrovoľný.